追加コンパイラ引数を設定するには、

File > Project Structure > Project Settings – Modules > Compiler Options タブ にある Additional compiler options

にコマンドラインの引数を入力すればいい気がする…。

指定方法はFlash Builderと同じかな。

-target-player 15.0.0.152
-default-size 500 400
-default-frame-rate 30
-default-background-color 0xffffff

とか。